Όπως όλα δείχνουν ο Γιάννης Σαμαράς θα συνεχίσει να εργάζεται στον Παναθηναικό απο το πόστο του τεχνικού διευθυντή των Ακαδημιών.

Αυτό συνέβη έπειτα απο εισήγηση του Ζιλμπέρτο Σίλβα πρός τον ιδιοκτήτη της ΠΑΕ Γιαννη Αλαφούζο. Οι δύο άντρες συζήτησαν για το νευραλγικό πόστο των Ακαδημιών και κατέληξαν στο να μην υπάρξει διάδοχη κατάσταση. Ο Βραζιλιάνος έχει σε μεγάλη εκτίμηση τον Γιάννη Σαμαρά και πιστεύει πως αν του δοθούν τα κατάλληλα εφόδια η Ακαδημία θα αποδώσει έργο. 

Θυμίζουμε πως οι δύο πλευρές  είχαν φτάσει μία ανάσα πρίν την οριστική ρήξη μετά απο τα επικριτικά λόγια του Γιάννη Αλαφούζου για την ακαδημία και τα αποτελέσματα της. Ο διευθυντής της ακαδημίας Γιάννης Σαμαράς ήταν «σκασμένος» και ενοχλημένος απ’ την προεδρική τοποθέτηση στα μέσα Φεβρουαρίου («η ακαδημία θέλει κι αυτή να ενισχυθεί όπως και όλος ο Παναθηναϊκός -  Δεν είμαι ευχαριστημένος από τα αποτελέσματα της Κ20 ούτε από την ακαδημία), αλλά τελικά όλα ξεπεράστηκαν με την παρέμβαση του Ζιλμπέρτο Σίλβα.